问题一，完整独立的食品冷藏运输体系尚未成形。从整体冷链体系而言，的食品冷链还未形成体系，目前大约90％肉类、80％水产品、大量的牛奶和豆制品基本上还是在没有冷链的情况下运销，冷链发展的滞后在相当程度上影响着食品产业的发展。
问题二，食品冷链的硬件设施建设不足。原有设施设备陈旧，发展和分布不均衡，无法为易腐食品流通系统地提供低温保障。
问题三，食品冷链的市场化程度很低，第三方介入很少。易腐食品除了外贸出口的部分以外，大部分在国内流通的易腐食品的物流配送业务多数都是由生产商和经销商完成的，食品冷链的第三方物流发展十分滞后，服务网络和信息系统不够健全，大大影响了食品物流的在途质量、准确性和及时性，同时食品冷链的成本和商品损耗很高。
问题四，食品冷藏运输缺乏上下游的整体规划和整合。由于农业的产业化程度和产供销一体化水平不高，从农业的初级产品来看，虽然产销量，但在初级农产品和易腐食品供应链上，既缺乏食品冷链的综合性人才，也缺乏供应链上下游之间的整体规划与协调。
尽管改革开放以来政府高度重视并采取一系列措施加强农产品流通工作，但从总体来看农产品质量形势依然严峻，尤其是在流通环节存在严重问题，在食品供应链的各个环节上问题频频发生，令人堪忧。
在未来的食品冷链发展建设过程中，加强食品冷链的整体规划研究，建立政府、行业组织和相关企业联动机制；推动建立多种模式的食品冷链体系建设；建立食品冷藏运输和质量信息追溯系统。将这几点加以突出，加以完善。