1、目标定位
无公害农产品——规范农业生产，保障基本，满足大众消费
绿色食品——提高生产水平，满足更高需求、增强市场竞争力
有机食品——保持良好生态环境，人与自然的和谐共生
2、质量水平
无公害农产品——普通农产品质量水平
绿色食品——达到发达国家普通食品质量水平
有机食品——达到生产国或销售国普通农产品质量水平
3、运作方式
无公害农产品：政府运作，公益性认证；认证标志、程序，产品目录等由政府统一发布；产地认定与产品认证相结合。
绿色食品：政府推动、市场运作；质量认证与商标转让相结合。
有机食品：社会化的经营性认证行为；因地制宜、市场运作。
4、认证方法
无公害农产品和绿色食品：依据标准，强调从土地到餐桌的全过程质量控制。检查检测并重，注重产品质量。
有机食品：实行检查员制度。国外通常只进行检查；国内一般以检查为主，检测为辅，注重生产方式。